Wiosną 1512 sułtan Ubajd Allah, bratanek Szejbaniego, rozbił armię Babura pod Bucharą i odebrał mu władzę nad Mawarannahrem. Babur uciekł do Hisaru. Jesienią tego samego roku próbował na czele licznej armii Kyzyłbaszów, wysłanych mu na pomoc przez szacha Isma'ila, odzyskać Mawarannahr, ale mimo początkowych sukcesów został rozbity przez Szejbanidów w bitwie pod Hidżuwanem. Babur i Timurydzi utracili władzę w Azji Środkowej, gdy Szejbanidzi opanowali Taszkent, Ferganę i Hisar.
Podbój Indii W 1504 podporządkował sobie Kabul i Kandahar, w 1519 Pendżab, który płacił mu trybut. 21 kwietnia 1526 dowodząc 12 tysiącami konnicy pokonał w bitwie pod Panipatem stutysięczną armię sułtana delhijskiego Ibrahima Lodiego, podczas której użył po raz pierwszy na subkontynencie indyjskim broni palnej. Zwycięska bitwa umożliwiła zdobycie Delhi i Agry. W 1527 pokonał pod Chanwą koalicję Radźputów i opanował Nizinę Hindustańską. W 1529 zdobył Gwalior i dotarł do granic Bengalu i Himalajów.