ujawnienie parafiletycznego charakteru dwuliściennych – taksonu obecnego dotychczas we wszystkich wcześniejszych systemach.
Ponieważ system APG oparty jest wyłącznie na kryterium pokrewieństwa roślin (kladystyce), hierarchiczne jednostki taksonomiczne stosowane są tu jedynie pomocniczo. Rośliny w tym systemie grupowane są wyłącznie w klady, a tradycyjny podział na rodziny i rzędy zachowany został dla czytelności systemu. Dla odróżnienia od nazw rodzin i rzędów używanych we wcześniejszych systemach klasyfikacyjnych, nazwy tych grup systematycznych w systemie APG nie są zapisywane italikiem.
System klasyfikacyjny grupujący rośliny w klady budzi opór wśród wielu taksonomów, przywiązanych do tradycyjnych systemów hierarchicznych. W systemie APG zachowano więc częściowo tradycyjne nazewnictwo i do poszczególnych kladów dopasowywane są dotychczas stosowane kategorie systematyczne (dotyczy to rzędów i rodzin). Często towarzyszy temu zmiana rangi systematycznej dotychczasowych taksonów. Dzieje się tak wówczas, gdy wyróżniane dotychczas w oparciu o kryteria głównie morfologiczne grupy systematyczne (np. rodziny) okazują się siostrzanymi kladami do jednostek systematycznych innej rangi (np. rzędów).