Zaletą systemu pucharowego jest mniejsza liczba koniecznych do rozegrania pojedynków niż w systemie kołowym, a jego zasadniczą wadę stanowi istotny wpływ czynnika losowego – końcowy rezultat w znacznej mierze zależy od zestawienia par w kolejnych rundach. Przykładowo, może zdarzyć się, że uczestnik, który pokonałby wszystkich innych poza jednym, odpadnie w pierwszej rundzie, trafiając w tej fazie właśnie na niego. W celu zmniejszenia czynnika losowego bardzo często stosuje się tzw. rozstawienia, poprzez taki dobór przeciwników w kolejnych rundach, by teoretycznie najsilniejsi spotkali się jak najpóźniej. W wielu dyscyplinach prowadzi się oficjalne listy rankingowe, na podstawie których dokonuje się rozstawień w zawodach rozgrywanych systemem pucharowym.
Inną niedogodnością systemu pucharowego jest fakt, że uczestnicy zawodów rozgrywają różną liczbę pojedynków. Przy 64 uczestnikach połowa z nich rozegra tylko jedną grę, zaś dwóch z nich odbędzie aż sześć pojedynków. Poza tym, czysty system pucharowy nie ustala ścisłej kolejności uczestników: poza pierwszym i drugim miejscem wyłania dwóch, którzy zajęli trzecie miejsce, czterech, którzy zajęli piąte miejsce itd. Z tego powodu uzupełnia się czasami system pucharowy o dodatkowe gry mające ustalić dalszą kolejność poza czołową dwójką.