Syreniusz był posiadaczem bogatej biblioteki, na co wskazują książki z jego podpisem znajdujące się w kilku krakowskich księgozbiorach. Cenną po nim pamiątkę od spadkobierców otrzymała biblioteka Akademii Krakowskiej. Było to rzadkie wydanie Psałterza w czterech starożytnych językach.
Szymon Syreński zmarł 29 marca 1611 r. w Krakowie. Pozostawił o nieznanym imieniu żonę (jej dalszy los jest też nieznany) i trzy córki: Elżbietę – wydaną za mąż za mieszczanina oświęcimskiego, Jana Molendę; Eufemię – wydaną za mąż za pochodzącego ze zubożałej szlachty, Jakuba Wiązownickiego; Jadwigę – małoletnią – pozostawioną pod opieką siostry Elżbiety i jej męża Jana Molendy
W dzienniku spraw domu zakonnego jezuitów przy kościele św. Barbary wpisano notatkę o śmierci Syreniusza wraz ze słowami księdza Wielowieckiego: "Szymon Syreniusz, akademik filozofii i medycyny doktór, zgromadzenia naszego przy kościele Św. Barbary ordynariusz, wspomożyciel biedaków i ich najgorliwszy obrońca, wsławiony wydaniem znakomitego dzieła o ziołach, mąż ozdobiony wszelkim rodzajem cnót, nasz przyjaciel i wspaniały dobroczyńca życie zakończył...". G. Gola, autor opracowania o historii Ogrodu Botanicznego w Padwie, wymienia Syreniusza wśród sławnych przyrodników, którzy w XVI w. ukończyli uniwersytet padewski.