Henryk VI zmarł nagle w 1197 r. Konstancja została regentką w imieniu swojego 3-letniego syna. W odróżnieniu od innych cesarzowych-wdów nie próbowała dochodzić praw syna do korony cesarskiej i niemieckiej. Królem Niemiec został w 1198 r. brat Henryka, Filip Szwabski. Konstancja pozostała na Sycylii, otaczając się miejscowymi doradcami. Inni, tacy jak Markward von Annweiler, zostali przez nią odsunięci. Schorowana królowa spisała testament, w którym regencję po swojej śmierci przekazywała Radzie Regencyjnej, a opiece papieża Innocentego III powierzyła swojego syna. Oczekiwała, że syn zostanie wychowany na Sycylijczyka i do końca życia pozostanie tylko królem Sycylii. Fryderyk został koronowany na króla Sycylii w maju 1198 r.

Konstancja zmarła w listopadzie 1198 r. Została pochowana w katedrze w Palermo. Dante Alighieri w Boskiej komedii widzi Konstancję w Raju, na księżycu, wśród duchów, które nie wypełniły ślubów:

Ta wtóra jasność, co w świetlanej fali Obok mnie błyszczy i wszystkimi blaski Tej naszej sfery płomiennej się pali,

Od losu równej doznała niełaski: Mniszeczką była;