W 2001 roku otrzymał nagrodę MTV Europe Music Award w kategorii Best Italian Dance Art. W tym samym roku L’amour toujours wydano w Stanach Zjednoczonych.
Albumy wydane przez Gigi D’Agostino po 1999 roku nie zdobyły takiej popularności jak L’amour toujours. W 2001 roku wraz z włoskim DJ-em wydał singiel „Super”. W 2002 roku muzyk wystąpił w Belgii na festiwalu Tomorrowland. W 2004 roku wydał album pt. . W 2013 roku Gigi D’Agostino trafił do Księgi rekordów Guinnessa jako DJ, który wykonał najdłuższy występ na żywo, trwający dwadzieścia cztery godziny.
Po 2017 roku z powodu problemów zdrowotnych muzyk ograniczył działalność muzyczną. W 2018 roku wraz z wydał singiel „In My Mind”, będący nową wersją „L’amour toujours”. W 2020 roku ukazał się singiel Gigiego D’Agostino „Hollywood”. W grudniu 2021 roku muzyk poinformował, że z powodów zdrowotnych musi zawiesić działalność muzyczną. 2 stycznia 2024 roku D’Agostino ogłosił powrót na scenę muzyczną. 10 lutego 2024 roku wystąpił jako gość specjalny na Festiwalu Piosenki Włoskiej w San Remo.