W połowie 1964 roku nieznani sprawcy dwukrotnie wybili okna w synagodze, za drugim razem wkradli się na strych skąd wykradli sporą część modlitewników. W 1965 roku ZRWM otrzymał od Jointu 10 000 dolarów, które wpłynęły na konto PKO i miały posłużyć m.in. na remont wrocławskiej synagogi. 27 lipca 1966 roku Wydział Budownictwa, Urbanistyki i Architektury przy Prezydium DRN wydał decyzję w sprawie synagogi: „[...] wzywa się do opróżnienia lokalu sakralnego, zajmowanego w budynku przy ul. Włodkowica 9 w terminie do 10 sierpnia 1966. [...] Stan techniczny obiektu i lokalu zagraża bezpieczeństwu życia i mienia ludzkiego ze względu na duże zniszczenia owadami i grzybem elementów konstrukcji wieszarowej dachu”.
W piśmie do Prezydium Rady Narodowej, Wydział ds. Wyznań z 23 sierpnia 1966 roku, Kongregacja stwierdziła, że faktycznie zaistniał taki stan. Synagoga zostanie wyremontowana na koszt Związku Religijnego Wyznania Mojżeszowego, ale „Kongregacja oczekuje na tym odcinku również pomocy ze strony Prezydium RN m.