II wojna światowa W latach 1939–1945, w czasie II wojny światowej, „Nasza Księgarnia” nie przerwała swej działalności wydawniczej, zmieniła tylko jej formy, przystosowując je do warunków pracy konspiracyjnej. Po zakończeniu pierwszej fali działań wojennych oficyna wznowiła pracę już w październiku 1939 roku. Zniszczeniu wskutek bombardowania Warszawy uległy składy książek przy ul. Romualda Traugutta. Zachowały się biura, księgarnia i magazyny w siedzibie głównej przy ulicy Świętokrzyskiej. ZNP, by zabezpieczyć spółkę przed przejęciem jej majątku przez okupacyjne władze, dokonał fikcyjnej sprzedaży pakietu większościowego akcji, na podstawie antydatowanej umowy, działaczowi ZNP Wacławowi Tułodzieckiemu. Oficyna oficjalnie prowadziła sklep księgarsko-papierniczy w Warszawie, kierowany przez Witolda Lichaczewskiego, a nieoficjalnie współpracowała z Tajną Organizacją Nauczycielską. Poprzez sieć dystrybucji, organizowaną w oparciu o powiązane z TON spółdzielnie nauczycielskie, oficyna rozprowadziła w 1941 roku ponad 12 tysięcy egzemplarzy książek, a do końca okupacji kilkadziesiąt tysięcy. Oferowała także wsparcie finansowe swoim przedwojennym autorom i ilustratorom.