W maju 1939 został wybrany rektorem Politechniki Warszawskiej, obejmując to stanowisko 1 września 1939 r. W czasie wojny organizował tajne nauczanie. Od 19 września 1940 oficjalnie pełnił funkcję „zarządcy”, jednak uważano go za rektora. 10 listopada 1942 został aresztowany i uwięziony na Pawiaku. Następnie został osadzony w obozie koncentracyjnym w Majdanku i Dachau, gdzie doczekał końca wojny.
Po wojnie przez dwa lata mieszkał w Belgii. Po powrocie do Polski wrócił do organizowania życia akademickiego i naukowego, obejmując w 1947 Katedrę Miernictwa Elektrycznego i Wysokich Napięć na Politechnice Warszawskiej. thumb|Grób Kazimierza Drewnowskiego na Cmentarzu Zasłużonych na Pęksowym Brzyzku Zmarł nagle 22 sierpnia 1952 w Zakopanem będąc w pełni sił twórczych. Pochowany został na starym cmentarzu w Zakopanem (sektor L-I-63).
Materiały archiwalne Kazimierza Drewnowskiego znajdują się w PAN Archiwum w Warszawie pod sygnaturą III-28Spis inwentarzy, Polska Akademia Nauk Archiwum w Warszawie, [dostęp 2024-01-03]..