W 1938 roku wyjechał z III Rzeszy do Brytyjskiego Mandatu Palestyny. Został profesorem na Uniwersytecie Hebrajskim w Jerozolimie. Wykładał filozofię społeczną i socjologię kultury. W kolejnych latach kontynuował swoje badania religijne i tłumaczenie tekstów biblijnych. W 1950 roku został kandydatem do nagrody Nobla w dziedzinie literatury. W 1953 roku otrzymał Nagrodę Pokojową Księgarzy Niemieckich. W latach 1960–1962 był pierwszym prezydentem Izraelskiej Akademii Nauk. W 1963 roku otrzymał prestiżową Nagrodę Erazma.
Zmarł 13 czerwca 1965 roku w swoim domu w osiedlu Talpijjot w Jerozolimie. Został pochowany w Jerozolimie.
Dorobek naukowy Chasydyzm Był badaczem chasydyzmu (w Polsce popularna jest jego książka Opowieści chasydów) i ten właśnie nurt religijno-filozoficzny ukształtował sposób myślenia Bubera. Chasydzi prowadzili bowiem dialog z Bogiem, obecnym w swoich emanacjach. Każda rzecz, każde działanie łączyło się z chwałą Bożą, a wspólnotę budowano na indywidualizmie poszczególnych jednostek. Stąd antropocentryzm Bubera, jego niechęć do myślenia systemowego oraz irracjonalizm.