Wynik sprawdzenia modyfikacji jest określany jako Security ScoreSecurity Checks and Security Score Important/General MOD Information for Authors .
Modyfikacje mogą być wprowadzane ręcznie – poprzez czytanie i wykonywanie instrukcji zawartych w pliku MOD (zwykle po angielsku), bądź z użyciem narzędzia do (pół-)automatycznej instalacji o nazwie EasyMOD. W nowszej wersji standardu opartego na XML możliwe jest też skorzystanie z przeglądarki internetowej z obsługą XSL, która przekształci plik MODX w bardziej czytelną wersję.
Wersje wstępnie zmodyfikowane Proces instalacji kolejnych MOD-ów może być kłopotliwy i czasochłonny. Spowodowane jest to tym, że nawet pojedynczy MOD może wymagać zmian wielu plików w wielu miejscach. Dodatkowo przy instalacji wielu modyfikacji (zwłaszcza tworzony przez różnych autorów) może dojść do konfliktów. Związane jest to przede wszystkim z tym, że kolejne MOD-y mogą zmieniać te same pliki, bądź te same tabele bazy danych. W niektórych wypadkach automatyczna instalacja nowszej modyfikacji może być niemożliwa, a w szczególności program EasyMOD może nie znaleźć danego miejsca do wstawienia kodu, ponieważ to miejsce zostało już zmienione przez inną modyfikację.