Henryka Maria przywiozła z Francji swój własny dwór, którego utrzymanie wiele kosztowało skarb królewski. Karol chciał oddalić dwór małżonki, a pozostawić jej jedynie spowiednika i dwie damy do towarzystwa, ale odwołał swój rozkaz. Para królewska nie była zgodna, często dochodziło między nimi do kłótni, a następnie małżonkowie unikali się przez całe tygodnie.
Królowa nie lubiła faworyta męża, księcia Buckingham, a gdy został on zamordowany przez Johna Feltona w sierpniu 1628 roku, jej stosunki z mężem uległy znacznej poprawie.
Niepopularna królowa Jej odmowa wyrzeczenia się katolicyzmu spowodowała, że wielu ludzi odsunęło się od niej, np. William Laud, arcybiskup Canterbury i Thomas Wentworth, earl Strafford. Jednak kiedy w Anglii miała wybuchnąć wojna domowa, Henryka szukała funduszy, żeby wesprzeć swojego męża. Konflikt rozpoczął się w sierpniu 1642 roku, a Henryki nie było wtedy w Anglii. Wysyłała pieniądze rojalistom, ale nie powróciła do kraju aż do następnego roku, gdy razem z oddziałami i bronią wylądowała w Bridlington w Yorkshire i wsparła rojalistów walczących w północnej Anglii. Kilka miesięcy później połączyła się z królem w Oksfordzie.