W 1589 metropolita Hiob ogłosił się patriarchą Moskwy i całej Rusi, co zostało potwierdzone przez patriarchę konstantynopolitańskiego. W Rosyjskim Kościele Prawosławnym, zajmuje on piąte miejsce w dyptychu Kościołów prawosławnych, tuż po czterech patriarchatach starożytnych. W ciągu następnych lat wraz z osłabianiem się potęgi domu carskiego patriarchowie (zwłaszcza Hermogen i Filaret) stali się wpływowymi figurami w państwie. Sobór moskiewski w 1620 uznał oficjalnie katolików za niechrześcijan i orzekł, że należy ich chrzcić na nowoJan Kucharzewski, Od białego caratu do czerwonego, t. I, Warszawa 1998, s. 31..
W 1652 patriarcha Nikon wprowadził reformy liturgiczne mające upodobnić cerkiewne obrzędy do tych używanych w prawosławiu greckim. Sprzeciw wobec tych reform leży u podstaw powstania Cerkwi staroobrzędowej.
Na mocy umowy z Konstantynopolem z 1686 r. Kościół prawosławny na terenach dzisiejszych Ukrainy i Białorusi podporządkowany został patriarchatowi w Moskwie.