Oficjalnie okres rozdziału Kościoła Wschodniego i Zachodniego, tzw. schizma Focjusza (w teologii prawosławnej znana jako schizma Mikołaja) zakończył się dopiero w 879 r., 2 lata po śmierci Ignacego, kiedy na tron patriarszy powrócił Focjusz i na kolejnym soborze w Konstantynopolu unieważnił potępienia nałożone w poprzedniej dekadzie.
Cerkiew prawosławna uznaje Focjusza za świętego, jednego z głównych przeciwników Stolicy Apostolskiej w sporach o papieską dominację. Z kolei w historiografii katolickiej Focjusz przez wieki był uznawany wyłącznie za pierwszego schizmatyka, pyszałka o nieposkromionych ambicjach. Obecnie duża część przedstawicieli Kościoła katolickiego ocenia pozytywnie przymioty osobiste Focjusza, a oba Kościoły zgadzają się co do faktu, że Focjusz był człowiekiem o niezwykle szerokich horyzontach myślowych. Rozbieżność oceny postaci Focjusza nadal jednak dotyczy osądu motywacji i słuszności jego działań jako patriarchy.
Focjusz o powszechnikach Późniejsze dzieło, Τα αμφιλοχια (Zagadnienia amfilońskie), świadczy o jego zainteresowaniach dialektyką i logiką odnośnie do sporu o powszechniki.