Para miała syna Johanna Michaela (1888-1964). Pracował dalej w Wiedniu ale jako docent prywatny, mieszkał tam do 1895 roku. Następnie po śmierci żony wyprowadził się do Włoch, których został obywatelem. W 1897 roku ożenił się z Emilią Ruprecht. Mieszkał we Florencji aż do 1915 roku, w wyniku wybuchu I wojny światowej przeprowadził się do Zurychu, gdzie zmarł na zapalenie wyrostka robaczkowego.
Brentano był wychowawcą wielu badaczy, nigdy nie stworzył sformalizowanej szkoły, jednakże jego koncepcje stanowiły podstawę do rozwoju m.in. fenomenologii. Wśród jego uczniów wymienia się m.in.: Edmunda Husserla, Alexiusa Meinonga, Tomáša Masaryka, Kazimierza Twardowskiego, Carla Stumpfa, Alfreda Kastila czy Sigmunda Freuda.
Koncepcje filozoficzne Brentano był zwolennikiem empiryzmu i na doświadczeniu opierał swoje poglądy filozoficzne – zwłaszcza na spostrzeżeniu wewnętrznym oraz doświadczeniu retrospekcyjnym, które należy odróżnić od introspekcyjnego. Obserwacja wewnętrzna, czyli introspekcja, nie jest możliwa wedle Brentana, gdyż zakłada niewykonalną pełną samozwrotność aktu psychicznego. Brentano uważał, że wspólną cechą aktów psychicznych jest intencjonalność – skierowanie ku określonym przedmiotom.