Po powrocie do Chile w 1959 r. został skierowany do sztabu I Armii, stacjonującego w mieście Antofagasta. Rok później objął dowództwo pułku „Esmeralda”, które sprawował aż do otrzymania w 1963 r. stanowiska zastępcy dyrektora Akademii Wojskowej w Santiago. W 1968 został najpierw szefem sztabu 2. Dywizji I Armii w Santiago, a następnie po nominacji na generała brygady, objął dowództwo 6. Dywizji, stacjonującej w Iquique. Ta ostatnia funkcja była związana ze stanowiskiem Intendante (zarządzającego) prowincją Tarapacá. W styczniu 1971 Pinochet został mianowany generałem dywizji i objął dowództwo kluczowego garnizonu Armii w Santiago. W 1972 został mianowany szefem sztabu całej Armii Chilijskiej. 23 sierpnia 1973 prezydent Salvador Allende, chcąc zapobiec narastającym tarciom wewnętrznym, powierzył mu stanowisko głównodowodzącego armii.
Pucz w 1973 mały|upright|Żołnierze w czasie zamachu stanu