José Fernando Bonaparte (ur. 14 czerwca 1928 w Rosario, zm. 18 lutego 2020 w Mercedes) – argentyński paleontolog, odkrywca wielu południowoamerykańskich dinozaurów i innych kopalnych kręgowców oraz mentor nowej generacji argentyńskich paleontologów, jak np. Rodolfo Coria.
Urodził się w Rosario, w prowincji Santa Fe. Związany z Museo Argentino de Ciencias Naturales w Buenos Aires.
Odkrycia Dinozaury przez niego odkryte żyły w południowej części superkontynentu Gondwana w erze mezozoicznej i były równie wielkie jak ich północni krewniacy z Laurazji.
Abelisaurus comahuensis (1985, z Novas), teropod Agustinia ligabuei (1998, poprzednio Augustia), zauropod z kostnymi płytami przy grzbiecie Alvarezsaurus calvoi (1991) opierzony teropod z rodziny Alvarezsauridae Amargasaurus cazaui (1991, z Salgado), dikreozauryd Andesaurus delgadoi (1991, z Calvo), tytanozaur, jeden z największych dinozaurów Argentynosaurus huinculensis (1993, z Coria), największy dotychczas odkryty tytanozaur Argyrosaurus superbus (1984), tytanozaur, jeden z największych dinozaurów Carnotaurus sastrei (1985), teropod z rodziny abelizaurydów Volkheimeria chubutensis (1979), zauropod Guaibasaurus candelariensis (1998, z Ferigolo), prymitywny teropod Kritosaurus australis (1984, z Frenchi, Powell i Sepúlveda), najlepiej poznany południowoamerykański