Obejmuje pracę pisemną z wybranej przez ucznia własnej epoki, która jest nazywana specjalnością (tematy są ustalane przez Komitet Główny, z tych samych wymienionych wyżej epok), analizę źródła historycznego z zadeklarowanej przez ucznia specjalności, oraz egzamin ustny składający się z 2 szczegółowych pytań zadawanych uczniowi przez komisję z zadeklarowanej epoki oraz jednego dot. wybranych przez niego 8 lektur. Uczniowie, którzy uzyskali co najmniej 74 punkty (w wyjątkowych sytuacjach Komitet Główny może podwyższyć ten limit) uzyskują status laureata, zaś wszyscy pozostali uczestnicy finału z wyjątkiem osób, którzy uzyskali dwie oceny niedostateczne w finale, otrzymują status finalisty.
Laureaci i finaliści są zwolnieni z egzaminu maturalnego z historii, mają prawo do końcoworocznej oceny celującej z tego przedmiotu, oraz praktyczny wstęp na wszystkie studia historyczne w Polsce.
Laureaci zapraszani są do udziału w letnim obozie Wioska olimpijska organizowanym przez Stowarzyszenie Naukowe Collegium Invisibile pod patronatem rektorów uniwersytetów Jagiellońskiego oraz Warszawskiego.
Olimpiada jest finansowana przez Ministerstwo Edukacji Narodowej, na podstawie wyników otwartego konkursu ofert.
Dla młodszych uczniów organizowana jest też Olimpiada Historyczna dla Szkół Podstawowych.