Żeby zrozumieć jak dochodzi do selekcji klonalnej, należy uświadomić sobie, że w naszym organizmie występuje olbrzymia liczba limfocytów (według większości szacunków ok. bilion). Każdy z nich może nosić na swojej powierzchni unikatowy receptor mogący rozpoznawać antygen. W związku z tym, w przypadku wniknięcia do organizmu patogenu należy liczyć się z tym, że tylko znikoma część limfocytów będzie w stanie ten patogen rozpoznać. Gdyby taki stan rzeczy miał się utrzymywać, doszłoby do śmierci organizmu, zanim te nieliczne limfocyty byłyby w stanie wyprodukować przeciwciała przeciwko patogenowi i ograniczyć jego rozwój.
Z drugiej strony, gdyby wszystkie limfocyty w organizmie uległy aktywacji, organizm nie mógłby dostarczyć związków i energii niezbędnych do syntezy białek. Takie wyjście także skazywałoby go na przegraną, tym bardziej, że zapanowanie nad bilionem komórek też nie byłoby łatwe. Tutaj właśnie uwidacznia się sens selekcji klonalnej.