Po zawarciu pokoju duńsko-szwedzkiego w 1645 Duquesne wrócił do Francji.
Powrót do francuskiej służby W 1650, podczas wybuchu Frondy, Duquesne stłumił rewoltę w Bordeaux (która była materialnie wspierana przez znienawidzonych przez niego Hiszpanów). Jeszcze w tym samym roku utworzył własnym kosztem eskadrę, z którą zablokował miasto Gironde, zmuszając je do kapitulacji. Rezultatem tego był awans Duquesne'a na dowódcę nowej francuskiej floty, otrzymanie zamku oraz nadanie w postaci całej wyspy Indre. Francja i Hiszpania zawarły pokój w 1659, a Duquesne zajął się walką z piratami na Morzu Śródziemnym. Wyróżnił się podczas wojny Francji z koalicją, walcząc jako zastępca dowódcy floty francuskiej w bitwie pod Solebay, a później wspierał antyhiszpańskich powstańców w Messynie, walcząc z admirałem de Ruyterem, który dowodził połączoną flotą holendersko-hiszpańską. Walczył z połączoną flotą holendersko-hiszpańską w bitwie pod Stromboli i w bitwie pod Augustą, gdzie de Ruyter został śmiertelnie ranny. Dnia 2 czerwca był zastępcą dowódcy francuskiej floty, która pod wodzą hrabiego Vivonne zaatakowała częściowo zniszczoną flotę hiszpańsko-holenderską w bitwie pod Palermo, która zabezpieczyła francuskie panowanie na Morzu Śródziemnym.