Podczas nauki w pracowni Ghirlandaia powstały: Faun (dzieło zaginione), Madonna przy schodach (również znana pod tytułem: Madonna na schodach), Bitwa centaurów (1490–1492) i Krucyfiks (między 1492 a 1495). Wzorowana na Bitwie Bertolda di Giovanniego płaskorzeźba zachwyciła florentczyków, którzy nie dowierzali, że autorem dzieła jest początkujący rzeźbiarz. W Bitwie centaurów można dostrzec charakterystyczne dla Michała Anioła wydobywanie kształtów z bloków marmuru i zostawianie rzeźb nieukończonych.
Po śmierci Wawrzyńca Wspaniałego 8 kwietnia 1492 roku Michał Anioł wrócił do Florencji. Przez kolejne miesiące realizował różne zlecenia od florenckich rodów. Większość dzieł z tego okresu zaginęła. Według przekazu Vasariego, około 1492 roku powstała rzeźba Herkulesa mierząca cztery łokcie (240 cm) wysokości. Wygląd rzeźby jest znany m.in. dzięki rysunkowi Jacques’a Androueta du Cerceau z 1560 roku. Herkules zaginął w XVII wieku. W tym samym czasie Michał Anioł współpracował ze szpitalem augustianów w Santo Spirito we Florencji, gdzie asystował przy sekcji zwłok.