Krytyczny okazał się rok 2003, doszło wtedy do konfliktu związków zawodowych z zarządem spółki i Agencją Rozwoju Przemysłu.
7 kwietnia 2004 roku decyzją sądu ogłoszono upadłość przedsiębiorstwa. W dniu ogłoszenia upadłości, struktura akcjonariatu przedstawiała się następująco: Tohoku Pioneer Corp. – 40,25%, Agencja Rozwoju Przemysłu S.A. – 12,77%, Skarb Państwa – 8,63%, Pozostali – 38,35%.
Wcześniej jednak wyodrębniono kilka samodzielnych podmiotów gospodarczych. Wśród nich znalazły się m.in. powstała 1 listopada 2002 roku spółka z o.o. Tonsil Urządzenia Elektroakustyczne, która przejęła produkcję profesjonalnego nagłośnienia (wkrótce zmieniła nazwę na ProTonsil), Tonsil Polska – która produkowała głośniki i zestawy głośnikowe. Zakład produkcyjny nadal mieścił się we Wrześni. Firmy te dzierżawiły od Tonsilu SA budynki, maszyny i znaki handlowe.
W latach 2006–2008 realizowano plan naprawczy, który przewidywał skupienie całej produkcji w ramach najbardziej dochodowej spółki ProTonsil, której pakiet większościowy przejęło Towarzystwo Finansowe Silesia oraz stopniową likwidację pozostałych spółek.