Pierwszym bossem w historii serii jest Eggman w swoim latającym Eggmobilu z przymocowaną ogromną kulą na metalowym łańcuchu, która wiruje wokół maszyny. Pojazd porusza się regularnie od lewej od prawej, „huśtając” kulę. Aby go pokonać, należy w odpowiednim momencie wskoczyć na jedną z dwóch platform znajdujących się na planszy, zaś skoczywszy stamtąd na Eggmobile zadać mu w ten sposób obrażenia.
Szmaragdy Chaosu thumb|left|Szmaragdy Chaosu Podczas gry gracz może również zebrać siedem Szmaragdów Chaosu (ang. Chaos Emerald). Mimo iż możliwość ich zbierania istniała już od pierwszej części gry, to dopiero od drugiej zebranie wszystkich siedmiu umożliwiało graczowi przemienienie się w Super Sonica.
Szmaragdy Chaosu zdobywa się najczęściej w planszach specjalnych, lecz w pierwszych grach na konsolę Sega Master System szmaragdy ukryte były na zwykłych poziomach. Stopień trudności zdobywania Szmaragdów rośnie wraz z postępem w grze, dlatego nie warto zostawiać ich zbierania na ostatnią chwilę – im wcześniej gracz rozpocznie próby, tym więcej będzie miał szans na zdobycie całego kompletu.