Elizabeth, Jack, Norrington oraz Will (z kluczem) lądują na wyspie, gdzie znajduje się skrzynia. Jednak między wspólnikami dochodzi do kłótni, gdyż każdy chce serca Davy’ego Jonesa, które znajduje się w skrzyni do innego celu. Walczą między sobą o klucz, a równocześnie załoga „Latającego Holendra” dociera także na wyspę. Jackowi udaje się ukraść serce, ale jemu z kolei kradnie je komodor. Ten dostarcza je zarządcy Kompanii, Beckettowi. Natomiast w drodze powrotnej, Czarną Perłę tylko z Jackiem na pokładzie zatapia Kraken wysłany przez rozzłoszczonego Davy’ego. Elizabeth, Will i reszta załogi dostaje się do czarownicy, która proponuje im pewien sposób uratowania Jacka. Ich nowym kapitanem zostaje kapitan Barbossa, znany z poprzedniej części „Piratów”. Historia nie kończy się na „Skrzyni umarlaka”. Pozostawiono otwarte zakończenie, a dalszy ciąg można poznać w trzeciej części „Piratów z Karaibów”, której tytuł brzmi „Na Krańcu Świata” („At World’s End”).