Mieszkańcami lasu są najróżniejsze gatunki zwierząt. Oprócz zwierząt pospolitych możemy tu spotkać takie gatunki jak wydra europejska, łasica, borsuk, popielica czy nietoperze. Okazałym mieszkańcem lasu jest jeleń europejski o charakterystycznej smukłej budowie ciała. Głowę samca (byka) zdobi poroże nazywane przez myśliwych wieńcem. Jelenie z terenu Warmii odznaczają się szczególnie pięknym porożem i ustępują jedynie jeleniom karpackim. Gośćmi rezerwatu bywają wilki.
Las Warmiński jest krainą ptaków, z których wiele należy do gatunków chronionych. Szczególnej ochronie podlegają tu stanowiska ptaków, takich jak: bielik, rybołów, kania czarna, orlik krzykliwy oraz bocian czarny. Wokół ich gniazd wytyczono strefy ochronne, gdzie prowadzi się gospodarkę leśną w ograniczonym zakresie. Poza wymienionymi w lesie warmińskim możemy spotkać inne ciekawe gatunki ptaków m.in. myszołów zwyczajny, żuraw, czajka, dudek, zimorodek i cały szereg innych.
Historia przekształceń antropologicznych Ze względu na złożoną i w miarę dobrze poznaną historię zmian przyrodniczych, wywołanych działalnością człowieka, obszar rezerwatu i najbliższych okolic jest dobrym terenem badawczym dla oceny renaturalizacji krajobrazu. Badania takie prowadzone są na UWM w Olsztynie.