Występują tu: czosnek niedźwiedzi Allium ursinum, kopytnik pospolity Asarum europaeum, konwalia majowa Convallaria majalis, wawrzynek wilczełyko Daphne mezereum, rosiczka okrągłolistna Drosera rotundifolia, przylaszczka pospolita Hepatica nobilis, bagno zwyczajne Ledum palustre, lilia złotogłów Lilium martagon, zimoziół północny Linnaea borealis, widłak Lycopodium clavatum, gnieźnik leśny Neottia nidus-avis, czworolist pospolity Paris quadrifolia, podkolan biały Platanthera bifolia, paprotka zwyczajna Polypodium vulgare i porzeczka czarna Ribes nigrum. W jeziorach występują grążel żółty Nuphar lutea i grzybienie białe Nymphaea alba. W nurcie rzeki Łyny spotkać można rzadki, chroniony gatunek krasnorostu – hildenbrandię rzeczną Hildenbrandia rivularis.
Rezerwat stanowi miejsce bytowania bardzo wielu gatunków grzybów i porostów (grzybów zlichenizowanych), w tym objętych ochroną: grzyby wielkoowocnikowe – gwiazdosz potrójny Geastrum triplex, ozorek dębowy Fistulina hepatica i czarka Sarcoscypha sp.;