Wyrokiem sądu Warszawskiego Okręgu Wojskowego z 28 maja 1983 został skazany zaocznie na karę śmierci za rzekome szpiegostwo na rzecz amerykańskich służb wywiadowczych, dokonywane podczas swojego zamieszkiwania w Polsce i za granicą, oraz orzeczono wobec niego pozbawienie praw publicznych i konfiskatę mienia. Wyrok uchylono w 1989. Na stanowisku szefa polskiej sekcji pozostał do 1987.
Podejrzewany o związki z masonerią, czemu zaprzeczał „Nigdy nie byłem”, przyznając zarazem, że „znał ludzi, którzy mieli taką opinię”, a „jego entuzjazm dla europejskiej integracji bywał interpretowany jako kosmopolityzm”.
Po upadku PRL w 1989 powrócił do Polski. Został przewodniczącym Komitetu Obywatelskiego przy Lechu Wałęsie (1990–1991) i Krajowego Komitetu Obywatelskiego (1991–1992). Był doradcą prezydenta Lecha Wałęsy i premiera Jana Olszewskiego. W 1992, po odwołaniu rządu Jana Olszewskiego, Zdzisław Najder przyznał, że w 1958 „samodzielnie zgodził się” na „dłuższe rozmowy” ze Służbą Bezpieczeństwa, które miały na celu „wprowadzenie SB w błąd i ukrywanie tego, co rzeczywiście robili moi przyjaciele (…) i co robiłem ja sam”. Ujawniono, że w latach 1958–1963 był ewidencjonowany przez SB jako tajny współpracownik „Zapalniczka”. Od 1998 był doradcą przewodniczącego Komitetu Integracji Europejskiej.