Sezon 2006 Rozpoczynający się sezon Verdasco zaczął od II rundy w Australian Open. W turnieju w Walencji awansował do półfinału, gdzie pokonał go Gilles Simon. Podczas rozgrywek ATP Masters Series w Hamburgu uzyskał ćwierćfinał, ale w meczu o półfinał nie sprostał José Acasuso przegrywając 1:6, 7:6(6), 3:6.
Start we French Open hiszpański tenisista ukończył na II rundzie. Na trawiastych kortach Queen’s Clubu w Londynie doszedł do ćwierćfinału, a w Wimbledonie dotarł do IV rundy turnieju, wygrywając wcześniej z Davidem Nalbandianem. W meczu o ćwierćfinał spotkał się z Radkiem Štěpánkiem, z którym przegrał 7:6(4), 3:6, 6:4, 4:6, 2:6. Swój kolejny ćwierćfinał Verdasco osiągnął w Gstaad. W Kitzbühel dotarł do półfinału, w którym przegrał z Agustínem Callerim 6:4, 1:6, 3:6.
Ostatni w sezonie wielkoszlemowy turniej, US Open, zakończył na III rundzie, przegrywając w meczu o IV fazę rozgrywek z Andym Roddickiem.
W stosunku do 2005 roku, Verdasco poprawił swoją pozycję na koniec sezonu o dwa miejsca – był sklasyfikowany na 31. pozycji w rankingu ATP.