Po powrocie do Rzeczypospolitej znalazł się w Wilnie (wówczas faktycznej stolicy Kościoła unickiego) u boku metropolity Hipacego Pocieja. Tu Rutski założył szkołę przygotowującą chłopców do stanu duchownego. W latach 1605–1606 przebywał w Moskwie z legatem papieskim Pawłem Symeonem, następnie udał się do Rzymu, by przedstawić nowemu papieżowi Pawłowi V program reform zakonnych w ramach Kościoła unickiego.
Po powrocie do Wilna wstąpił do klasztoru Świętej Trójcy (1607), gdzie przyjął święcenia zakonne i imię Józef (1608). Mianowany archimandrytą świętotroickim w 1609 r. wraz z Jozafatem Kuncewiczem rozbudował monaster własnym kosztem, pracując też nad podniesieniem poziomu dyscypliny i wykształcenia mnichów.
Za te i inne zasługi otrzymał sakrę i tytuł biskupa halickiego, a po śmierci Hipacego Pocieja w 1613 r. został mianowany przez Zygmunta III Wazę metropolitą. W tym samym roku udał się do Rzymu, gdzie przedstawił Pawłowi V projekt reform w Kościele greckokatolickim, m.in. stypendia dla unitów w Kolegium Greckim i innych kolegiach papieskich, zrównanie szkół unickich i kolegiów jezuickich (by zapobiec latynizacji szlachty ruskiej).