Działania wojenne w 1945 r. znacznie zniszczyły rybnicką świątynię, szkody zostały ocenione jako wielkie, przez co kościół początkowo był przeznaczony do rozbiórki. Zniszczeniu uległy okna, elementy architektoniczne, część poszycia dachowego, prezbiterium (szczególnie od strony północnej, ulicy Mikołowskiej). Zniszczeniu uległa również większość wyposażenia świątyni, w tym ławki wykorzystywano jako barykady na pobliskich ulicach. Ponadto po zajęciu Rybnika przez Armię Czerwoną wewnątrz bazyliki urządzono warsztat dla broni pancernej.
Od 1 lutego 1952 r. funkcjonowała przy kościele kuracja, która 28 maja 1957 r. przekształcona została w samodzielną parafię pw. św. Antoniego z Padwy. Tego dnia bp Stanisław Adamski mianował ks. Sylwestra Durczoka administratorem parafii Rybnik z tytułem proboszcza. Z ambony rybnickiej świątyni regularnie były wygłaszane antykomunistyczne hasła, przez co proboszcz Sylwester Durczok był często nękany przez Służby Bezpieczeństwa PRL.