Pełnił funkcję ministra finansów w drugim gabinecie Hagerupa i był jednym z najgorętszych zwolenników bardziej zdecydowanej polityki wobec unii między Szwecją a Norwegią. W marcu 1905 roku Michelsen zastąpił Francisa Hagerupa na stanowisku premiera i natychmiast stał się przywódcą ruchu na rzecz rozwiązania unii (Unionsoppløsningen i 1905).
Formalną podstawą rozwiązania unii była odmowa przyjęcia norweskich ustaw konsularnych (Konsulatsaken) przez króla Oskara II. Rząd szwedzki od kilku lat domagał się, aby ustawy regulujące sprawy zagraniczne były częścią umowy o unii, a zatem ustawy konsularne nie mogły być uchwalane przez norweski Storting bez zgody szwedzkiego parlamentu (Riksdagu). Szwedzi byli skłonni zaakceptować norweskie dążenie do oddzielnych spraw konsularnych, ale zażądali, aby Norwegia zaakceptowała precedens, na którym unia funkcjonowała przez 90 lat, a mianowicie, aby ministrem spraw zagranicznych był Szwed. Norwegowie uważali, że to uznanie Szwecji za mającą przewagę w Unii. Choć ta supremacja już istniała w rzeczywistości, Norwegowie nie chcieli zaakceptować nierównych stosunków na formalnej, prawnej podstawie.