Za Aleksandra I wrócił do łask. W roku 1807 imperator wysłał go do generała Bennigsena celem przywrócenia porządku w armii. Znajdował się w świcie carskiej w czasie zawierania pokoju tylżyckiego, którego był redaktorem tekstu. Ponownie mianowany został rzeczywistym tajnym radcą z uprawnieniami komisarza, a następnie nadzorcy Departamentu Zaprowiantowania. W roku 1810 został członkiem Rady Państwa Imperium Rosyjskiego. W jej ramach w 1812 roku otrzymał wysokie stanowisko przewodniczącego komisji wniosków. W 1816 otrzymał roczny urlop i wyjechał za granicę na leczenie.
W roku 1818 został wybrany honorowym członkiem Petersburskiej Akademii Nauk. W 1819 car Aleksander mianował go przewodniczącym Departamentu ds. społecznych i religijnych Rady Państwa. Tymczasem zdrowie Popowa pogarszało się; zaczął ślepnąć. Zmarł w listopadzie 1822 roku i został pochowany w ławrze Aleksandra Newskiego w Petersburgu. Był odznaczony Orderem Świętego Aleksandra Newskiego, Orderem Świętego Włodzimierza I i III klasy, Orderem Świętej Anny I klasy.
Bibliografia
Księga zakroczymska grodzka nr 110, 1745, Archiwum Główne Akt Dawnych w Warszawie