Ustanowił oryginalne twierdzenie „Trzech motywów ludzkiej egzystencji”:
otrzymywanie, reprodukcja, transcendencja.
Jan Patočka przetłumaczył także sporo dzieł filozoficznych Hegla i Schellinga.
Jego Eseje heretyckie z filozofii dziejów były jedną z inspiracji książki Jacques’a Derridy The Gift of Death. Innymi filozofami czerpiącymi z dorobku Jana Patočki byli Paul Ricœur i Roman Jakobson, którzy napisali odpowiednio przedmowę i posłowie do francuskiego wydania Esejów... Tylko niewielka część dzieł filozofa mogła wyjść za jego życia w ojczyźnie. W latach 80. pięciotomowy zbiór dzieł wyszedł w Niemczech, dziesięć książek we Francji, później prace przetłumaczono m.in. na angielski, włoski, hiszpański, polski.
Obok Václava Havla i Jiříego Hájka był jednym z rzeczników Karty 77 oraz autorem jej podstawowych tekstów programowych. Był także wykładowcą czeskiego odpowiednika podziemnego „uniwersytetu latającego”.
W dniach poprzedzających śmierć, po spotkaniu z holenderskim ministrem spraw zagranicznych Maxem van der Stoelem, został poddany kilkudniowym, wyczerpującym przesłuchaniom przez Státní bezpečnost (StB), czechosłowacką tajną policję, z uwagi na swoje zaangażowanie w nielegalną działalność opozycyjną.