W procesie pokazowym, który rozpoczął się 1 czerwca 1950 roku, przed sądem stanęło wraz z nią 11 osób. Cztery osoby skazano na karę śmierci. Wśród nich Horákovą, pod sfingowanymi zarzutami spisku i szpiegostwa. Cztery inne osoby skazano na dożywocie. Nie złożyła do prezydenta prośby o ułaskawienie. Pomimo prośby rodziny, prezydent nie skorzystał z prawa łaski.
Śmierć 27 czerwca 1950 roku została powieszona, pomimo protestów znanych osobistości (o łaskę do prezydenta Klementa Gottwalda apelowali m.in. Albert Einstein, Winston Churchill i Eleanor Roosevelt). Na moment przed śmiercią wygłosiła słowa „Niech żyje Czechosłowacja Masaryka i Beneša!”. Wyrok wykonano w praskim więzieniu Pankrác. Tym samym stała się jedyną kobietą, która padła ofiarą mordu sądowego w okresie stalinizmu w Czechosłowacji.
Przywrócenie godności W 1968 roku wyrok unieważniono, a w 1990 roku została zrehabilitowana.