Istnieje wiele typów interneuronów. Najczęściej klasyfikowane są one na podstawie morfologii (wyglądu) i połączeń tworzonych z innymi neuronami. Interneurony mają różne kształty komórek, mogą być wielobiegunowe, piramidalne lub wrzecionowate. Inną bardzo ważną cechą różnicującą typy interneuronów jest zawartość neuropeptydów, takich jak wazoaktywny peptyd jelitowy (VIP), neuropeptyd Y (NPY), somatostatyna (GH-IH lub SRIF) czy cholecystokinina (CCK), a także obecność w tych komórkach białek wiążących wapń, takich jak parwalbumina, kalbindyna, czy kalretynina. Wreszcie, choć jest to trudne technicznie, interneurony klasyfikuje się też na podstawie ich charakterystyki elektrofizjologicznej, w tym biernych i czynnych właściwości błony plazmatycznej oraz generowanych potencjałów czynnościowych.
Poszczególne typy interneuronów są wyspecjalizowane funkcjonalnie. Na przykład pewne interneurony są wyspecjalizowane w kontrolowaniu funkcji innych interneuronów, często konkretnego typu. Z kolei wiele interneuronów wpływa na aktywność neuronów pryncypalnych danej struktury, lecz czynią to za pomocą różnych środków. I tak, neurony koszyczkowe oplatają ciała neuronów docelowych, tworząc wokół nich charakterystyczny „koszyczek” zakończeń synaptycznych.