Wieloletnim dyrektorem artystycznym KFF, odpowiadającym za selekcję filmów, był Krzysztof Gierat. Od 2025 funkcję dyrektora pełni Barbara Orlicz-Szczypuła, a dyrektorem artystycznym jest Anita Piotrowska.
Historia Pierwsza edycja festiwalu odbyła się w 1961 pod nazwą Ogólnopolski Festiwal Filmów Krótkometrażowych. Trzy lata później poszerzono go o konkurs międzynarodowy. Na początku lat 90., w związku z kryzysem polskiej produkcji filmowej, zaprzestano organizacji festiwalu ogólnopolskiego. Powrócono do niego w 1997. Od 2001 festiwal nosi obecną nazwę.
Od 2006 festiwalowi towarzyszą Krakowskie Targi Filmowe (KFF Market) przeznaczone dla profesjonalistów z branży. Celem targów jest zaprezentowanie filmów dokumentalnych, animowanych i krótkometrażowych przedstawicielom europejskich festiwali, stacji telewizyjnych i firm dystrybucyjnych.