W 1988 został zdegradowany do Serie C1, po roku powrócił do Serie B, ale w 1991 ponownie spadł do Serie C1. W 1994 zdobył Puchar Serie C w piłce nożnej, jednak potem klub został rozwiązany.
30 czerwca 1994 został zarejestrowany przez FIGC nowy klub o nazwie Nuova US Triestina Calcio, który rozpoczął występy w amatorskim Campionato Nazionale Dilettanti (D5). W 1995 awansował do Serie C2, w 2001 do Serie C1, a w 2002 roku do Serie B, w której przebywał do 2011 roku. W sezonie 2010/11 zajął 20. miejsce i został zdegradowany do Lega Pro Prima Divisione.
25 stycznia 2012 roku Stowarzyszenie orzekło o bankructwie spółki, jednak zachował działalność w dziedzinie sportowej.
7 sierpnia 2012 klub został ponownie reorganizowany i z nazwą Unione Triestina 2012 SSD rozpoczął swoje występy na 6 poziomie hierarchii piłkarskiej w lidze Eccellenza Friuli-Venezia Giulia. 30 listopada tego roku, pakiet kontrolny w klubie wykupił Prezes US Palermo Maurizio Zamparini, obiecując przez trzy lata inwestować pieniądze w klub i wypożyczać absolwentów Akademii Palermo w celu zapewnienia im większej praktyki piłkarskiej.
W 2013 powrócił do Serie D.