od końca XI w. w Bolonii działają dwa uniwersytety prawnicze: uniwersytet cismontański, w którym kształcą się studenci pochodzący z Italii, oraz uniwersytet ultramontański dla przybyszów z krajów pozaalpejskich; każdy z nich miał swoich profesorów i rektora; w tym to okresie w Bolonii zaczyna tworzyć się instytucja, która obecnie znana jest jako Uniwersytet; w XIX w. komitet złożony z historyków pod kierownictwem Giosuè Carducciego, ustalił datę narodzin Uniwersytetu na rok 1088
w 1140 boloński mnich Gracjan zbiera przepisy prawa kościelnego i opracowuje kodeks znany jako Decretum Gratiani (Dekret Gracjana), który zapoczątkowuje w Bolonii wykłady prawa kanonicznego jako samodzielnej, odrębnej od prawa rzymskiego dyscypliny naukowej
w 1158 z inicjatywy uczniów Irneriusa, tzw. czterech doktorów (quattuor doctores: Bulgarus, Martinus, Ugo i Jacobus), Fryderyk I Barbarossa wydaje dokument Constitutio Habita, w którym Uniwersytet został prawnie ogłoszony miejscem gdzie mogłaby się niezależnie rozwijać nauka; na prośbę uczonych i mistrzów bolońskich zapewnił im: prawo swobodnego przybycia do miasta, bezpiecznego w nim pobytu, wolność nauczania prawa rzymskiego i kanonicznego oraz wyłączył studentów spod sądownictwa miejskiego; studenci z danego kraju lub grupy krajów tworzyły tzw.