Klasnić z 13 bramkami był po Ailtonie najlepszym strzelcem zespołu, a dołożył do tego jeszcze 11 asyst. Po sezonie przedłużył kontrakt z Werderem. Od sezonu 2004/2005 jego partnerem w ataku Werderu był Miroslav Klose. Obaj tworzyli najbardziej bramkostrzelny atak w Bundeslidze. Klasnić w lidze zdobył 10 bramek, a w edycji Ligi Mistrzów dołożył 5, z czego 3 w meczu z RSC Anderlecht. Werder odpadł w 1/8 finału z Olympique Lyon. W sezonie 2005/2006 obaj poprowadzili Werder do wicemistrzostwa Niemiec. Dość powiedzieć, że Werder w 34 meczach zdobył aż 79 bramek, z czego aż 40 było autorstwem Klasnicia (15 goli) i Klose (25 goli, król strzelców). Później Klose przeniósł się do innego klubu Bundesligi – Bayernu Monachium. W sezonie 2006/2007 zaczęły się problemy Ivana ze zdrowiem. Miał operację przeszczepu nerki, która za pierwszym razem nie powiodła się. Za drugim razem przeszczep udał się i Ivan powrócił do gry. Ivan został wypożyczony do Boltonu na sezon 2009/2010 oraz angielski klub zachował sobie prawo pierwokupu piłkarza. 4 sierpnia 2010 roku poinformowano o podpisaniu dwuletniego kontraktu wiążącego zawodnika z drużyną Boltonu. W 2012 roku przeszedł do 1. FSV Mainz 05, gdzie rozegrał 3 mecze, w których strzelił 1 bramkę. W 2013 roku zakończył karierę.