Na „wzgórzu pobożności” – jak nazwano to miejsce – zbudowano drewnianą kapliczkę, w której umieszczono figurę Matki Bożej, zapewne już wówczas nazwanej Bolesną. Stała się ona celem licznych pielgrzymek, według tradycji modliła się tu m.in. królowa Jadwiga przed legendarną bitwą pod Stubnem w 1387. Liczni pielgrzymi mieli doświadczać tutaj wielu cudów zdziałanych przez wstawiennictwo Matki Bożej. W 1636 roku została przez ówczesnego biskupa przemyskiego uznana za cudowną, a w roku 1755 ukoronowano ją koronami papieskimi.

Kościół W 1421 na miejscu drewnianej kapliczki stanął murowany kościółek gotycki. W 1629 przekazany został jezuitom, którzy przy kościele zbudowali kolegium zamiejskie z nowicjatem i przenieśli tam również nauczanie muzyki. Jezuici przebywali tutaj do momentu skasowania ich zakonu przez papieża Klemensa XIV w 1773. Cztery lata później przybyli oo. dominikanie (sprowadzeni z Bochni po pożarze ich klasztoru i kościoła), którzy prowadzą działalność duszpasterską do chwili obecnej.

Obecny kościół powstawał etapami. W latach 1698–1709 wzniesiono nawę z kaplicami, a w latach 1709–1713 prezbiterium, zakrystię i kruchty.