W 1996 jego koalicja przegrała wybory z sojuszem ugrupowań centrowych i lewicowych. Lider FI utrzymał mandat poselski na XIII kadencję, utrzymywał go później w kolejnych wyborach w 2001, 2006 i 2008, zasiadając w niższej izbie włoskiego parlamentu do 2013. W 1999 objął dodatkowo uzyskane miejsce w Parlamencie Europejskim V kadencji, zasiadając w nim do 2001. Kolejne wybory w 2001 zakończyły się zwycięstwem zorganizowanego przez niego Domu Wolności, tworzonego przez FI, Sojusz Narodowy, Ligę Północną i sojusz partii chadeckich. 11 czerwca 2001 Silvio Berlusconi powrócił na stanowisko premiera, tworząc swój drugi gabinet. W swoich kolejnych rządach czasowo wykonywał przy tym obowiązki odwołanych ministrów, w szczególności od lutego do listopada 2002 był p.o. ministra spraw zagranicznych. 23 kwietnia 2005, po sporach wewnątrz koalicji, sformował swój trzeci rząd, który funkcjonował do 17 maja 2006. W okresie tych rządów przeprowadzono reformy rynku pracy i systemu emerytalnego. Proponowana nowelizacja ustrojowa zakładająca głównie wzmocnienie uprawnień premiera została odrzucona w referendum.