Przez kolejne lata prześladowany był za działalność w Armii Krajowej.
W 1991 został wyróżniony awansem na stopień generała brygady, a rok później otrzymał honorowe obywatelstwo Elbląga. 29 września 2007 generał Bolesław Nieczuja-Ostrowski obchodził swoje 100. urodziny. Na uroczystościach urodzinowych byli m.in.: bp Jan Styrna, wiceprezydent miasta Witold Wróblewski, Leonard Krasulski, Jerzy Wcisła, Sławomir Sadowski. Generał otrzymał list z życzeniami od ówczesnego Prezesa Rady Ministrów Jarosława Kaczyńskiego.
Zmarł 13 lipca 2008 w Elblągu w wieku 100 lat. Pogrzeb generała odbył się 18 lipca 2008 i rozpoczął się mszą świętą żałobną w katedrze św. Mikołaja w Elblągu, którą celebrował biskup pomocniczy elbląski Józef Wysocki i biskup polowy Wojska Polskiego gen. dyw. Tadeusz Płoski. Po uroczystej mszy ciało generała zostało pochowane na Cmentarzu Komunalnym Agrykola.
Życie prywatne Był żonaty z Bronisławą Marią z d. Paklikowską (1909–1988), urodzoną we Lwowie. Mieli troje dzieci, Wandę (ur. 1935), Michała (1943−1965) i Tadeusza (1946−2010).