Życie uratowały mu protesty w prasie brytyjskiej i międzynarodowej, zorganizowane przez anglikańskiego lorda-biskupa George’a Bella.

Mimo to jako szczery nacjonalista Niemöller uważał, że jego obowiązkiem jest „walka za ojczyznę” i po wybuchu II wojny światowej złożył podanie o uwolnienie z obozu i skierowanie do służby we flocie niemieckiej. Podanie oczywiście odrzucono, a w rok później przeniesiono go do obozu koncentracyjnego w Dachau, gdzie przebywało wielu duchownych z Niemiec, Austrii i krajów podbitych (przede wszystkim z Polski). W czasie uwięzienia doszedł do wniosku, iż Kościół nie tyle powinien „służyć ludowi”, co „wszystkim ludom”, działając na rzecz obalenia granic między państwami oraz zlikwidowania różnic „rasowych i ideologicznych”. Wtedy też uznał, że niemieckie Kościoły ponoszą dużą część odpowiedzialności za dojście narodowego socjalizmu do władzy.