Sam biskup utrzymuje, że ekskomunika była od samego początku nieważna, gdyż zakazany czyn popełnił sądząc, że jest w stanie wyższej konieczności związanej z kryzysem w Kościele, co według prawa kanonicznego, zwalniało go z kary ekskomuniki, nawet jeśli się myliłJezuici: rozmawiamy o wierze. Temat: Lefebryści.
Kapituła Bractwa św. Pius X zgromadzona w Ecône w lipcu 1994 wybrała go na następcę Franza Schmidbergera na stanowisku Przełożonego Generalnego Bractwa. 11 lipca 2006 czterdziestoosobowa Kapituła Generalna, po wysłuchaniu jego sprawozdania, uznała, że jest odpowiednią osobą na tym stanowisku i wybrała go na drugą dwunastoletnią kadencję. Jako Przełożony Generalny Bractwa dał się poznać jako osoba o umiarkowanych poglądach oraz jako zwolennik pojednania się ze Stolicą Apostolską.
29 sierpnia 2005 papież Benedykt XVI przyjął go na audiencji w swej letniej rezydencji w Castel Gandolfo. Brali w niej udział również kardynał Darío Castrillón Hoyos i ojciec Schmidberger. Dyskutowali o aktualnej sytuacji Bractwa, możliwości unormowania jego sytuacji w Kościele i modernizmie. 26 czerwca 2008 Bernard Fellay w imieniu Bractwa odrzucił żądania Watykanu, które zawierały uznanie pełnej zwierzchności papieża, uznania nowej liturgii i reform Soboru Watykańskiego II.