Następny dowód bytności rzeźby w Krużlowej pochodzi dopiero z 1889 roku dzięki wycieczce naukowej Władysława Łuszczkiewicza, w której uczestniczył Stanisław Wyspiański. Dwudziestoletni wtedy artysta narysował Madonnę w Krużlowej w bocznej kaplicy. Wcześniej stała w głównym ołtarzu. Z kaplicy przeniesiono rzeźbę do kruchty, a potem na strych. Powodem były korniki, które zaatakowały rzeźbę; „puchła” ona też od ciągłych malowań farbą olejną. Co jakiś czas zeskrobywano starą, łuszczącą się i malowano na nowo. Wyspiański odkrył rzeźbę dla ludzi sztuki w 1889 roku, a 10 lat później, podczas prac remontowych w kościele krużlowskim, została przejęta przez Muzeum Narodowe w Krakowie. Najpierw, po przywiezieniu jej z Krużlowej, stała w Sukiennicach, od 1924 roku w Wieży Ratuszowej.
W 1940 roku została zarekwirowana przez Niemców. Niejasna jest sprawa odnalezienia rzeźby Madonny po wojnie. Dokument muzealny podaje dwie wersje: że została znaleziona w 1945 roku w składnicy na Wawelu i że rewindykowano ją z rezydencji wyższego dostojnika hitlerowskiego spod Monachium, co odnotowano na podstawie ustnej relacji prof. Karola Estreichera. Nie wiadomo jednak, która wersja jest prawdziwa.