Jana Karskiego i Poli Nireńskiej za rok 2001, przyznawaną przez Żydowski Instytut Naukowy dla osób badających stosunki polsko-żydowskie oraz wkład polskich Żydów w kulturę polską.
Wydawnictwo Literackie wydało dwie jego książki Czarne jest czarne i Dwanaście koszy ułomków (za którą w październiku 2002 r. otrzymał Nagrodę Krakowska Książka Miesiąca), będące zbiorami publikowanych wcześniej artykułów. Zasiadał w jury Nagrody Literackiej Nike. Pośmiertnie Wydawnictwo Literackie opublikowało Notatnik ks. Stanisława Musiała. Jezuita w wytartym swetrze (2009), a jezuickie Wydawnictwo WAM Listy ks. Stanisława Musiała do Rodziny (2010).
Zmarł 5 marca 2004 i został pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (Kwatera: PAS 37, Rząd: płd, Miejsce: grobowiec Jezuitów). mały|Grobowiec jezuitów na cmentarzu Rakowickim
Upamiętnienie Klub Chrześcijan i Żydów „Przymierze” ustanowił Nagrodę Ks. Stanisława Musiała, przyznawaną osobom zasłużonym dla dialogu chrześcijańsko- i polsko-żydowskiego.