Trzeci raz został pierwszym trenerem po zwolnieniu Johna Toshacka, tym razem już nie tymczasowo. Przez cztery sezony doprowadził Real Madryt do m.in. dwóch zwycięstw w Lidze Mistrzów i dwóch w lidze hiszpańskiej. Prowadził klub w 186 meczach, z których wygrał 104.
W 2003 został niespodziewanie zwolniony dzień po zdobyciu przez Real Madryt 29. tytułu mistrza Hiszpanii w historii. Odrzucił propozycję zostania dyrektorem technicznym i odszedł z klubu. Następnie był trenerem Beşiktaşu JK. W 2008 zastąpił Luisa Aragonésa na stanowisku szkoleniowca reprezentacji Hiszpanii, który na Euro 2008 zdobył Mistrzostwo Europy pokonując w finale „Die Nationalelf” 1:0. Del Bosque z La Furia Roja w 2010 zdobył mistrzostwo świata w Południowej Afryce. Na Euro 2012 Hiszpanie prowadzeni przez del Bosque obronili tytuł wywalczony 4 lata wcześniej, pokonując najpierw w półfinale reprezentacje Portugalii 4:2 (rzuty karne) a w finale reprezentację Włoch 4:0. La Furia Roja została w ten sposób pierwszą w historii drużyną, która wywalczyła mistrzostwo Europy dwa razy z rzędu.