W 1589 nie udało mu się obronić Zbaraża, który zdobyli i częściowo zniszczyli Tatarzy. Według księdza doktora Tadeusza Wojaka, 23 maja 1591 Zbaraski przebywając akurat w Krakowie, wziął udział w obronie protestantów przed atakiem rozjuszonego motłochu (sam był prawosławny ale przeszedł na Unicyzm). W 1596 prowadził rozmowy w sprawie utworzenia ligi przeciw Turcji. Jako senator brał udział w sejmie zwyczajnym 1605Leszek Andrzej Wierzbicki: Senatorowie koronni na sejmach Rzeczypospolitej, Warszawa 2017, s. 180.. 7 października 1606 podpisał ugodę pod JanowcemAlexander Rembowski: Rokosz Zebrzydowskiego: materyały historyczne poprzedzone przedmową i rozprawą pod tytułem Konfederacya i rokosz w dawnem prawie państwowem polskiem, Warszawa 1893, s. 213.. Podczas rokoszu Zebrzydowskiego stanął po stronie króla Zygmunta III Wazy.
Dzięki małżeństwu z Anną Czetwertyńską w 1572 rokuZbigniew Anusik, Kasztelan krakowski Jerzy ks. Zbaraski (1574–1631). Szkic do portretu antyregalisty, w: Przegląd Nauk Historycznych 2010, R. IX, nr 1, s. 57., jedyną córką księcia Macieja Czetwertyńskiego, przejął dużą część włości tej rodziny.