Na podstawie badań na nim zostają zmodyfikowani pierwsi członkowie oddziału SOLDIER.

Podczas misji do Nibelheim, w której brał udział także Zack Fair i Cloud Strife, Sephiroth odkrył prawdę o sobie, co doprowadziło go do szaleństwa i podpalenia wioski.To Jenova manipulowała nim, tak jak 2000 lat wcześniej rasą Cetra.Jenova omamia Sephirotha i ten uwierzył, że jest jego matką. Nie wiadomo, co się później z nim działo, ale najprawdopodobniej, dzięki interwencji Jenovy przeżył upadek w płynną energię Mako i ciężko ranny podjął leczenie w Strumieniu Życia, nic nie wiedząc o klonach powstających na jego podstawie. Po pewnym czasie dowiadujemy się, że jest on ukryty we wnętrzu Northern Cavern i oczekuje na uwolnienie. Kiedy Cloud Strife daje mu Czarną Materię, Sephiroth uwalnia się, budzą się Weapony, a on sam przywołuje Meteor mający zniszczyć planetę. Jednak nie udaje mu się to. Cloud Strife wraz ze swoją ekipą pokonują go w walce na dnie krateru, a Meteor zostaje zatrzymany i zniszczony przy pomocy Strumienia Życia.