W 1978, rok po zakończeniu zawodowej służby wojskowej, Perry powrócił do Teksasu i został wybrany, jeszcze z ramienia demokratów, do stanowego zarządu szkolnictwa. Zaś w 1984, wciąż z ramienia tej partii, na członka stanowej legislatury, gdzie był ważną figurą w House Appropriations and Calendars Committees. W 1989 The Dallas Morning News nazwał go „najbardziej skutecznym stanowym legislatorem”. Podczas demokratycznych prawyborów prezydenckich Perry popierał senatora z Tennessee (i późniejszego wiceprezydenta w gabinecie Billa Clintona, 1993–2001) Ala Gore’a.
W 1989 wstąpił do Partii Republikańskiej.
W latach 1991–1999 był stanowym sekretarzem ds. rolnictwa, zaś w latach 1999–2000 u boku innego republikanina George’a W. Busha.
Gubernator Po rezygnacji Busha w grudniu 2000 został zaprzysiężony na 47. gubernatora stanu Teksas, na kadencję kończącą się w styczniu 2003. W 2002 został wybrany na „własne” cztery lata, pokonując demokratę stosunkiem głosów 58,1–40,3%.
Uchodzi za bliskiego współpracownika Busha w rodzinnym stanie. Jego kampanię w 2002 prowadził „czarodziej polityczny” prezydenta Karl Rove. Uchodzi za polityka zdecydowanie konserwatywnego.